日本の海運会社は、1963年に成立した海運2法により海運集約が行われたほか、近年さらに大手海運会社同士の合併が行われ、現在の大手海運会社は日本郵船（世界2番手）、商船三井（世界3番手）、川崎汽船（世界4番手）の3社体制となっている。
また、外航航路とは別に内航海運として沿海航路が発達し、独自の進化を遂げている。製鉄会社主体の一般在来型貨物船オペレーター、石油会社主体の内航タンカーオペレーター、旅客輸送も行う長距離フェリー船社、島嶼間輸送における独占的なオペレーター、製紙会社主体のRO-RO船オペレーター等多様である。また、利用運送事業の方面も発達し零細企業でも頭角を現す企業がある。
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プラザ合意による円高で、それまでドル建で資産を決済していた海運各社は大打撃を受け、バブル景気に反して厳しい経営状態が続いていたが、2000年代には中国国内の好景気によって住宅建設や工業設備への需要が急成長し、中国政府の資源政策や建設と機械装置用の鉄鋼需要の拡大の影響から、鉄鉱石・石炭といった重量資源の輸送需要が拡大した。また、同時に中国製低価格消費財の貿易量も増大したため、その原材料と製品の輸送需要も加わって、国際的な貨物輸送が行なえる船舶への需要が世界的に急拡大した。これにより世界的に船賃（トンキロ）が高騰するとともに、貨物船不足が発生しはじめた。海運各社は新造船発注を増大させ、新造船の価格である船価も高騰して造船各社は活況となった。海運業や造船業で需給が逼迫し、こういった「船バブル」から海運会社の業績は回復してきている。2007年後半から始まった米国発の世界的な景気減退の影響は今後拡大が懸念されている。