第二次世界大戦終結後の1945年9月、文部省は「青少年団体ノ設置並ニ育成ニ関スル件」の次官通牒を発令、全国における青少年団体の設置・育成を積極的に推奨した。また、戦地から引揚げてきた青年たちも戦争で荒廃した郷土の再建のため、地域において自主的に組織化されていった。こうした事を背景に、1946年（昭和21年）に長野県において戦後初の都道府県青年団連合組織である長野県連合青年団が誕生したのを皮切りに、翌年1947年（昭和22年）までにほとんどの都道府県で連合青年団が結成された。これら都道府県の連合青年団は全国組織結成のため各県持ちまわりで断続的に会合を持ち、1947年には日青協の直接の前身である日本青年団体連絡協議会の規約が成立する。
一方、かつての「大日本青年団」の復活を警戒していた連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）も米ソ冷戦構造の流れの中で、反共産主義団体育成という観点から青年団の全国組織結成に肯定的な立場を取るようになる。このため、GHQ民間情報教育局から「組織には共産主義的な傾向を有するものを加盟させないこと」という通達が出されるが、最終的に「全体主義的な傾向を有しないこと」という点を加盟条件に加える事によって折り合いをつけた。
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かくして、1951年（昭和26年）1月、佐賀県で開催された日本青年団体連絡協議会臨時大会において日本青年団協議会規約案が可決、次いで同年5月、規約に基づいて第一回理事会が愛知県名古屋市で開催、5月5日に金星豊治会長以下執行部を選出して日本青年団協議会が正式に発足した。